Jõhvi kindluskiriku muuseum asub Jõhvi Mihkli kiriku altarialustes võlvkeldrites, mida ülakirikuga ühendavad kitsad müürikäigud.
Esimeses keldriruumis asub kiriku makett Liivi sőja eelse kujul – kaitserõduga ümbritsetud kindluskirikuna.
Liivi sőja traagilistest sündmustest ja kiriku tekkelugu seletavast kahe venna legendist jutustab kogu keldri lääneseina kattev klaasimaal (autor Kai Kaljo).
Arheoloogilised leiud paiknevad sisekujundajate poolt nn “valguskaevudena” loodud vitriinides. Leiud on pärit Jőhvi ja Lüganuse kihelkondade muistsete ülikute ning sőjapealike haudadest. Erilist tähelepanu väärivad Eesti vanimad raudesemed, mis leiti Jäbara kalmetest. Samavőrd kuulsad on naabervitriinis asuvad Alulinna ohvrileiud.
Järgmine keldriruum on taastatud keskaegse krüpt-kabelina. Krüpt oli keskajal asukohaks reliikviale, millest otsisid tervendavat jőudu kirikusse saabunud palverändurid. Kabeli altarist vasakul asuv salapärane nelinurkne niđđ vőiski kunagi olla keskaegse Jőhvi kiriku reliikvia asupaigaks. Praegu paikneb selles kiriku tänane kőige hinnalisem ese – XVII sajandist pärinev hőbedast armulauakarikas.
Krüpti varakristlikku iseloomu rőhutavad kunstnik Eva Jänese mosaiigid “Pantokraator” ja “Neitsi Maarja”. Kabeli vastandseintel asuvatena sümboliseerivad nad ametlikku ning rahvalikku kristlust, mis igapäevases elus lahutamatult koos eksisteerisid.
Kabeli ja kogu muuseumi stiilitundliku sisekujunduse ning altari ja ristimiskivi autorid on sisearhitektid Terje Kivist ja Marje Karu, kel őnnestus taasluua kunagine valguse ja varjude mäng ning varakristliku katakombide salapära.
Eksponaatidest jutustab külastajale keskaegse helitausta saatel kuuekeelne CD-giid.
Krüpt-kabel on kohandatud ka kontserdipaigaks, kus lähedus artistile ja keskaegsed vőlvmüürid loovad vőimaluse kordumatuks muusikaelamuseks.